Το Ιερό της Αφροδίτης, που είναι χώρος αφιερωμένος στην αρχαία θεά της ομορφιάς, βρίσκεται εντός των ορίων του Δήμου Χαϊδαρίου στην περιοχή Αφαία Σκαραμαγκά και σε απόσταση περίπου 12 χλμ. από την Αθήνα και 9 περίπου χλμ. πριν την Ελευσίνα, στα δεξιά της αρχαίας Ιεράς Οδού.
Στο σημείο υπάρχει ένας περίβολος γύρω από ένα χαμηλό βράχο, στον οποίο είναι λαξευμένες εσοχές. Εκτιμάται ότι επρόκειτο για ιερό τέμενος, δηλαδή, χώρο υπαίθριας λατρείας της Αφροδίτης. Το σχήμα του είναι ορθογώνιο, περίπου 73 μ. επί 21 μ. Η είσοδος αποτελείται από ένα πρόπυλο με δύο κίονες, οι οποίοι εδράζονταν σε βάσεις, η μία εκ των οποίων διατηρεί τον τόρμο προσαρμογής. Στο πρόπυλο οδηγούν 4 βαθμίδες ύψους 30 εκ. από τις οποίες σήμερα σώζονται οι τρεις.
Η ανασκαφική έρευνα διεξήχθη σε δύο χρονικές στιγμές. Η πρώτη διεξήχθη κατά τα έτη 1891 και 1892 υπό τον Δ. Καμπούρογλου. Η δεύτερη ανασκαφική έρευνα έγινε από τους K. Κουρουνιώτη και I. Τραυλό από το 1936 ως και το 1939.
Το βόρειο τμήμα του ναού ακουμπά στο λαξευμένο βράχο, ενώ ανάμεσα σε αυτόν και στο πρόπυλο βρίσκεται ένας βωμός ή μεγάλη βάση όπου ίσως εδραζόταν το κυρίως λατρευτικό άγαλμα της θεάς. Στην ευρεία πλατεία που σχηματίζεται μπροστά στο βράχο έχουν απομείνει βάσεις αναθημάτων (κυρίως αγαλματίδια της θεάς Αφροδίτης). Τα λαξεύματα απευθείας στο φυσικό βράχο δηλώνουν τη θέση των αναθημάτων, ενώ και οι ίδιες οι κόγχες προορίζονταν για αναθήματα.
Επίσης, έχει διασωθεί τμήμα του κορμού του λατρευτικού αγάλματος της Αφροδίτης και τμήμα από θωράκιο, που πιθανόν κοσμούσε μέρος του περιβόλου, με πομπή Ερώτων. Όσα από αυτά έχουν σωθεί, έχουν μεταφερθεί και εκτίθενται στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο.
Στα δυτικά του κυρίως ιερού υπάρχει σύστημα με τρεις δεξαμενές, επιμελώς επιχρισμένες, που συγκοινωνούν μεταξύ τους με αγωγούς, κατασκευασμένες προφανώς για την περισυλλογή των όμβριων υδάτων. Οι δύο από αυτές περιελήφθησαν σε μεταγενέστερα χρόνια σε ένα ορθογώνιο κτίσμα του οποίου η χρήση δεν έχει προσδιοριστεί. Το μεγαλύτερο τμήμα αυτού του κτίσματος, στα νότια του κύριου ναού, πρέπει να ήταν υπαίθριο, ενώ στο δυτικό άκρο θα υπήρχε υπόστεγος χώρος, αφού έχουν σωθεί τρεις βάσεις κιόνων που θα βάσταζαν στοά. Στα βόρεια, διαμορφώνονται δύο μικροί ορθογώνιοι χώροι με ξεχωριστή πρόσβαση.
Εκτός του περιβόλου και σε ελαφρώς παρεκκλίνοντα άξονα δομείται ένας οικίσκος με διάφορους χώρους, ο οποίος εκτιμάται ότι χρησίμευε ως οικία ιερέων. Ο διαφορετικός προσανατολισμός του, σε σχέση με τα λοιπά οικοδομήματα εντός του ευρύτερου περιβόλου του ναού, κυρίως όμως η χρήση παλαιότερου υλικού, από το ιερό, στους τοίχους του, οδηγούν σε χρονολόγησή του σε λίγο μεταγενέστερα χρόνια, κατά την διάρκεια όμως της λειτουργίας του ιερού. Το οίκημα είναι φτιαγμένο από ακατέργαστους λίθους (αργολιθοδομή). Στο απέναντι τμήμα της αρχαίας Ιεράς Οδού, σώζεται ένα ορθογώνιο κτίσμα (25 μ. X 15 μ.) με πολυγωνική τοιχοδομία. Πρόκειται προφανώς για το «τείχος αργών λίθων θέας άξιον», που παραδίδει ο Παυσανίας. Ήταν πύργος, σαν οχυρό, χωρίς να αποτελεί οργανικό τμήμα του τακτικού αμυντικού συστήματος της Αττικής. Αργότερα αχρηστεύθηκε και αποτέλεσε ταφικό μνημείο.
Αυτός ο υπαίθριος χώρος λατρείας χρησιμοποιείτο κατά τον εορτασμό των Ελευσίνιων Μυστήριων. Η θέση του στην Ιερά Οδό και ο αγροτικός χαρακτήρας της λατρείας της Αφροδίτης, δηλώνουν στενή συγγένεια με την ελευσινιακή λατρεία. Η διάρκεια της λατρείας παρακολουθείται από το β΄ μισό του 5ου αιώνα π.X. έως τα ρωμαϊκά χρόνια, συμπέρασμα στο οποίο κατέληξαν οι ανασκαφές, αφενός από τις ικανές ποσότητες ρωμαϊκών αγγείων που βρέθηκαν και αφετέρου από τη μαρτυρία του Παυσανία. Ο χώρος του ιερού της Αφροδίτης στην Αφαία Σκαραμαγκά έχει αναστηλωθεί και είναι ανοιχτός στο κοινό.
